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惊!蛋白代谢联合分析告诉你,肺腺癌最强预后 biomarker 竟然是它!
人阅读 发布时间:2018-08-10 09:48
蛋白质组+代谢组联合分析 CPS1 在 LKB-1 失活肺腺癌中的功能机制
Role of CPS1in Cell Growth, Metabolism and Prognosis in LKB1-Inactivated LungAdenocarcinoma
Role of CPS1in Cell Growth, Metabolism and Prognosis in LKB1-Inactivated LungAdenocarcinoma
研究背景
肝激酶 B(Liver kinase, LKB1)是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,目前公认的抑癌因子,但 LKB1 的失活突变会促进肿瘤的转移和侵袭,且 LKB1 失活会导致肺癌临床治疗预后效果变差。氨甲酰磷酸合成酶 1(CPS1)是尿素代谢循环中的第一个限速酶,在 LKB1 失活的肺腺癌细胞过表达。该研究首次探索了 CPS1 在 LKB1 失活肺腺癌细胞中的功能机制。
材料与方法
肺腺癌细胞蛋白组分析+肺腺癌细胞 LC-MS/MS 非靶代谢组学分析+肺腺癌、肺鳞癌患者肿瘤组织中 LKB1 和 CPS1 表达免疫组化分析
技术方法
1)蛋白质组学分析发现,LKB-1 失活突变后,多种蛋白均发生显著上调表达,且这些差异蛋白与代谢途径密切相关,尤其是线粒体功能障碍。
2)LKB1 失活突变后,CPS1 蛋白表达水平和 mRNA 表达水平也显著上调。
图 1. A) CPS1 蛋白在不同细胞组分中的表达水平 B) CPS1 的 mRNA 表达水平
3)LKB1 失活突变的细胞中,将 LKB1 过表达后,CPS1 蛋白表达被显著抑制。而在 LKB 正常表达的细胞中,把 LKB1 敲低并不能显著增加 CPS1 蛋白的表达。这表明,CPS1 受 LKB1 负调控,但 CPS1 的表达也同时存在除 LKB1 以外的其他调控机制。
4)在 LKB1 失活突变的肺腺癌细胞中,敲低 CPS1 能明显抑制细胞生长,但在 LKB1 正常表达的细胞中,CPS1 敲低对细胞生长无明显抑制作用。
图 2. 在 LKB1 失活突变的细胞系中 CPS1 敲低显著抑制细胞生长
5)差异代谢组学研究结果表明,在 LKB1 失活突变的肺腺癌细胞中,CPS1 敲低后导致 28 种代谢物的表达发生了显著下调,且这些代谢物大多集中与嘌呤、嘧啶和精氨酸代谢途径。
6)CPS1 敲低后,细胞周期 G2/M 并未受到影响。外源添加 dNTP 可有效恢复细胞生长。由此推测,CPS1 敲低可能会使核酸代谢相关代谢物发生损耗,从而导致细胞生长被抑制。
7)针对 376 个肿瘤相关基因的 PCR 检测发现,有 81 个基因在 CPS1 敲低后发生了显著表达差异,且 JAK/STAT 信号传导代谢途径显著被抑制。
图 3. 差异代谢物层次聚类分析
8)肺腺癌与肺鳞癌患者肿瘤组织中 CPS1 和 LKB1 蛋白表达免疫组化分析表明,CPS1 表达与吸烟水平呈明显相关性,但是与年龄、性别等因素无关。
9)就肺腺癌患者整体存活时间而言,在单变量分析和多变量分析中,CPS1 表达水平都是最强有力的独立参数。
小编心得
这是一篇应用多重研究手段(蛋白质组学、代谢组学、PCR 分析、免疫组化等)对肺腺癌诊断 biomarker 筛选,及肺腺癌相关蛋白 LKB1 和 CPS1 功能机制进行深入而细致的研究,发表在肿瘤领域顶级期刊 JNCIJ Natl Cancer Inst(IF=12)的文献。该研究结果表明,在肺腺癌中,CPS1 是一个极具应用潜力的治疗靶点和预后 biomarker。正如文章末尾总结的,通过蛋白质组学分析,探索了 LKB1 失活突变的肺腺癌细胞中 CPS1 的功能和潜在应用价值,拓展了传统临床治疗手段,对肺腺癌的精准医疗发现了新的 biomarker。
由此可见,以质谱技术为基础的组学研究,以其优秀的分辨率和灵敏度,今后将势必会广泛应用于精准医疗以及临床检测,前途无限,前景可期。
图 4. 文中对组学研究价值的总结评价