关于组蛋白修饰状态以及变体的相关研究以往通常采取特定位点的修饰抗体、ChIP、DNA sequencing等方法来开展^[2]，但这些方法通常存在方法建立较困难，费用较高，并且对于组蛋白修饰之间的cross talk等复杂但是真实存在的状态无法有效体现的瓶颈。

质谱系统经过过去几十年的长足发展，其检测灵敏度，准确度，以及有效性被学界广泛认可，在组蛋白相关的研究中也建立完善起了一整套以质谱系统为基础的检测方法，可以有效反应组蛋白的修饰状态，分析组蛋白的变体。 Bottom up流程是广泛应用的蛋白质组学分析流程，灵敏度高，但是在组蛋白的分析检测中由于组蛋白本身含有大量的Lys，以及Arg（这两个氨基酸是Trypsin的酶切位点）会使得直接使用Trypsin来酶切后肽段非常小，不利于检测，因此采用相应的方法将组蛋白衍生化^[6,7,8]后可以有效增加酶切肽段的长度,从而增加检测的有效性和可靠性。

不同于bottom up通常得到20个氨基酸以下的小肽段，middle down流程通常得到50个氨基酸左右的肽段，这样更加有利于分析组蛋白距离较远的修饰位点之间修饰状态的影响和联动，top down流程则是对整个组蛋白进行分析，最能体现修饰位点之间的影响和联动，但是由于middle down和top down流程中检测的片段都比Bottom up要大，因此检测灵敏度相对低一些，后期的分析也相对困难一些。

参考文献
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