分辨率降了几百倍，为什么还是看不清一个细胞？聊聊空间转录组最大的误区

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空间专题

图1 做空间转录组，你大概率被这类问题卡过：

想看全转录组，测序类空间转录组给了“高分辨率”，但仔细一看——2 μm 的 bin 里装着半个细胞，8 μm 的 bin 里挤着两三个细胞，细胞类型更多是靠反卷积算法从单细胞参考数据里“推”出来的：换一套参考图谱，结论就可能变；没有配套 scRNA-seq，数据几乎无法独立解释；而课题里最想抓的稀有亚群——mregDC、pDC、耗竭 T 细胞——恰恰最容易在混合信号里被稀释掉。所以，分辨率变小了，不等于做到了真正的单细胞。

于是问题来了：有没有一种方案，既能像成像平台一样把转录本定位到“这个细胞就在这个位置”，又不牺牲基因覆盖的广度？

2026 年，10x Genomics 给出了两条答案：Xenium——亚细胞分辨率的成像原位检测标杆，五年高分文献积累，验证“已知”的较稳工具；Atera——原位成像路线里最早一个去掉 Panel 限制的平台，18,000+ 基因全转录组结合单细胞级灵敏度，把“探索未知”和“空间定位”合二为一。

很多客户问我们：这两个平台到底怎么选？能不能一起用？ 这篇文章一次性讲清楚：它们的技术同源关系、不同维度的硬参数对比、不同课题下的选型决策，以及两个平台的高分文献的背书——看完你就能对号入座。

 

一、先聊清楚：这两个平台是什么关系

先敲重点：Xenium 帮你“验证已知”，Atera 帮你“探索未知”。前者是空间验证的“金标准”，后者是全转录组发现的“新旗舰”。

Xenium 是 10x Genomics 于 2022 年 12 月发布的原位空间生物学平台，凭借亚细胞分辨率与高灵敏度，四年间已成为成像式空间转录组的行业标杆；

Atera 则是 10x Genomics 于 2026 年 4 月 18 日在 AACR 年会上发布的下一代旗舰平台，率先在全转录组尺度（18,000+ 基因）上同时做到单细胞灵敏度与大视野高通量。

两者基于同源的化学原理（挂锁探针 + 滚环扩增 + 多轮荧光解码），检测特异性同源、数据可交叉验证——但产品定位截然不同：Xenium 不是被 Atera 替代，而是与它组成"发现→验证"双平台组合。

 

二、核心参数对比

 

三、你的课题该选谁？

平台没有绝对优劣，只有与课题目标的匹配度。

（一）选 Xenium，当你——

单细胞测序后的推荐验证平台：已有明确的候选基因列表，做通路验证、biomarker 定位等验证性研究（TMA性价比较高）；

需要同片 RNA + 蛋白共检（免疫微环境、免疫治疗响应评估）；

课题为小鼠样本，需要成熟的 5K 双物种 Panel；

希望与既往 Xenium 数据保持批次一致性，便于前后对比。

（二）选 Atera，当你——

做探索性研究：没有预设假设，想无偏挖掘细胞类型、细胞状态、稀有亚群；

面对大队列（几十至几百例）或大面积组织（完整器官切片、大肿瘤切片），需要高通量检测，且希望降低单样本成本（考虑TMA）。

不想被固定 Panel 束缚，希望一次拿到全转录组数据，避免后续补测；

（三）选 Atera+Xenium，当你——

前期想要做大规模筛选，后期想要把候选基因锁定，那Atera 负责广度，Xenium 可以负责在验证阶段把通量成本花在刀刃上。

想要尝试通过队列进行临床转化研究或生物标志物开发：小规模发现队列用 Atera 全景扫描 → 独立的验证队列（几十上百例）用 Xenium Panel 快速批量验证。

 

（四）场景速查表

图2 四、文献背书：Xenium 与 Atera 的发表实绩

选平台，本质是在选“发文的底气”。下面用已发表的高分文献说明：Xenium 为什么是审稿人公认的验证利器，Atera 为什么值得抢先布局。

（一）Xenium：高分文献中的“验证利器”

Xenium 自 2022 年底发布以来，已在多个权威期刊研究中承担关键角色，其技术可靠性经过了独立第三方评测，这是它作为“验证平台”较强的背书。

图3 从这些研究可以看出 Xenium 在发文中的三个核心价值：

1、“发现—验证”范式的标准验证工具：单细胞测序/空间转录制发现候选基因与细胞亚群后，用 Xenium 在单细胞分辨率组织原位下复现，证据链完整，审稿人接受度高；

2、支持定制探针（每 Panel 可加 100 个自定义基因），可对关注基因、突变位点等“论文里最关键的分子”做空间定位；

3、与 RNAscope、多重免疫荧光等正交验证技术兼容性成熟，多项高分文章均采用“Xenium + 独立样本 FISH/蛋白验证”的组合设计。

（二）Atera：抢先做，能带来什么发文优势

Atera独立评测来自斯坦福大学团队 2026 年 8 月发表于 bioRxiv 的研究[4]，该研究在人乳腺导管原位癌（DCIS）样本上率先对 Atera 进行了系统评估：

 

1. 灵敏度全面突出；

2. 率先在单细胞空间分辨率下推断拷贝数变异（CNV）并重建肿瘤克隆演化，这是率先将空间组学克隆推断与 DNA 测序直接交叉验证的工作；

 

3. 发现靶向 Panel 遗漏的稀有免疫细胞状态；

图4 发文具体优势

1、首推红利：

Atera 是今年4月发布的新平台，正因“新”，先发的课题组有机会把“率先应用”做成文章的核心亮点。更容易做出“率先在 XX 疾病中……”级别的标题发现；

2、一块切片，三层证据：

Atera 一次实验同时产出基因表达、拷贝数变异、细胞状态三层数据，非常适配“空间多组学”叙事；

3、免 Panel 设计省时：

无需为每个课题重新设计定制探针，探索阶段直接跑全转录组，缩短发文周期。

 

推荐组合策略

若预算允许，Atera 负责发现（全转录组扫描 + CNV + 稀有细胞），Xenium 负责验证（定制 Panel 在更大队列上高灵敏度复测）；这种“发现—验证”双平台范式已有 Nature 级文献先例，两条平台数据互相印证，证据链最扎实。

 

五、中科新生命：双平台一站式服务

中科新生命提供 Xenium 与 Atera 双平台技术服务，覆盖从实验设计、拼片方案定制、样本制备与质控、上机检测到数据解读的全流程；并可依托 MALDI 2 空间代谢组学平台以及空间蛋白平台，将空间转录组、空间蛋白组与空间代谢组数据整合分析，为课题提供“基因—蛋白—代谢”多维度证据链。

中科新生命 Atera 空间原位检测首批项目预订通道现已开放：

首批名额有限，按预订顺序锁定排期；

早鸟预订可享受专属优惠与优先技术支持（具体权益请咨询）；

 

参考文献

[1] Kukanja P, Langseth CM, Rubio Rodríguez-Kirby LA, et al. Cellular architecture of evolving neuroinflammatory lesions and multiple sclerosis pathology[J]. Cell, 2024, 187(8): 1990-2009.e19. DOI: 10.1016/j.cell.2024.02.030.

[2] MARCO SALAS S, KUEMMERLE L B, MATTSSON-LANGSETH C, et al. Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows. Nat Methods. 2025 Apr;22(4):813-823. doi: 10.1038/s41592-025-02617-2.

[3] JOHNSON K F, DONG X, TSAI Y H, et al. Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids. bioRxiv [Preprint]. Nat Cell Biol. 2026 Aug;28(8):1758-1770. doi: 10.1038/s41556-026-02027-2.

[4] WU S, MAHAJAN M, VAN DER LINDE M, et al. Resolving the immune response across clonal cancer evolution in situ with Atera whole transcriptome profiling. bioRxiv [Preprint]. 2026 Aug 21. doi: 10.64898/2026.08.03.741871.

 

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关于中科新生命

上海中科新生命生物科技有限公司（APTBIO）创立于 2004 年，由原中国科学院上海生命科学研究院蛋白质组研究中心孵化而来，是国内质谱多组学应用领域的开拓者。公司以 “AI + 质谱多组学” 双核驱动创新，构建智能化组学生态。拥有自主知识产权的质谱检测平台与 AI 大数据分析系统，聚焦科技服务、生物医药及大健康消费三大领域，为全球科研机构、医院、药企提供从基础研究到临床转化的一站式解决方案。融合多组学技术与人工智能，围绕生物标志物发掘、药物靶点筛选及个性化诊疗等方向，构建具有国际竞争力的组学数据库与算法模型，推动转化医学进程，加速创新药物研发，成为推动生命科学数字化升级的核心引领者。