项目文章速递 | 脂质组、代谢组文章思路知多少？

编者按

拿到代谢组学结果之后经常有一个困惑：下一步该怎么办？小编列举了几种常见的代谢组文章思路，老师们可根据实际情况进行设计。

• IF 2-6分文章可选思路：

1. 代谢组/脂质组差异分析+富集分析+关键小分子

2. 描述代谢组/脂质组的轮廓变化

• IF 6-10分文章可选思路：

1. 代谢组/脂质组差异分析+富集分析+关键小分子

2. 锁定通路，靶向验证

3. 相应生物学模型验证

• IF >10分文章可选思路：

一个完整的story（什么代谢变化？如何引起的代谢变化？这些变化的意义？）

1. 代谢组/脂质组差异分析+富集分析+关键小分子

2. 锁定通路，靶向验证

3. 深入的生物学机制研究

 

下面小编将根据最近收录的几篇项目文章来示例：

 

01

经典思路：非靶向代谢组学广泛筛选到关键通路+靶向代谢验证

客户文章示例：

Gluconeogenic enzyme PCK1 deficiency promotes CHK2 O-GlcNAcylation and hepatocellular carcinoma growth upon glucose deprivation

Journal of Clinical Investigation  IF= 11.86

作者建立了PCK1基因敲除和过表达肝癌细胞模型、裸鼠移植瘤模型以及DEN诱导的PCK1基因条件敲除小鼠肝癌模型，发现在低糖培养条件下，肝癌细胞系PCK1敲除后明显促进O-GlcNAc修饰和细胞增殖，而过表达PCK1则显著抑制O-GlcNAc修饰，同时在小鼠体内模型也验证了上述结论。采用基于LC-MS的非靶向代谢组学和靶向代谢组分析发现，PCK1敲除明显激活HBP途径，增强关键代谢物UDP-GlcNAc合成。

左：非靶向代谢组学广泛筛选并锁定关键代谢通路；右：靶向代谢方法精准验证

原文链接：https://www.jci.org/articles/view/144703

 

02

经典思路：蛋白质组学筛选关键代谢酶 + 靶向代谢辅助验证

客户文章示例：

Enhancing cancer-associated fibroblast fatty acid catabolism within a metabolically challenging tumor microenvironment drives colon cancer peritoneal metastasis

Molecular Oncology  IF= 6.57

腹膜转移性结直肠癌患者的总体生存率较低，但尚不清楚结直肠癌细胞在腹腔内定植和增殖的机制。作者使用蛋白质组学方法，发现肉碱棕榈酰转移酶IA (CPT1A)在结直肠癌患者中表达水平明显较低，并证明CPT1A的低表达诱导结直肠癌细胞向糖酵解的代谢转移，并通过靶向代谢方法证明了这一结论。

蛋白质组学筛选到关键代谢酶

靶向代谢验证代谢酶变化产生的代谢变化（能量代谢关键通路）

原文链接：https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/1878-0261.12917

 

03

创新思路：脂质组分析（从整体到具体，总脂质→脂质亚类→关键脂质分子）

客户文章示例：

Cadmium exposure impairs pancreatic β-cell function and exaggerates diabetes by disrupting lipid metabolism

Environment International  IF= 7.58

镉是一种环境污染物，会导致胰腺损伤和糖尿病的发病机制。在这项研究中，作者使用高分辨率质谱对镉暴露的胰腺细胞进行脂质组学分析，发现镉暴露改变了脂质的分布和丰度。镉暴露诱导细胞内脂质积累，促进脂质生物合成，提高促炎性脂质含量，抑制脂质降解。从脂代谢角度的整体脂质水平、脂质亚类水平、脂质分子水平揭示了脂质在毒性过程中的变化和意义。

脂质组学揭示脂质分子的整体和具体变化

原文链接：https://doi.org/10.1016/j.envint.2021.106406

 

小编推荐

RECOMMEND

中科新生命可以提供优质的脂质组学服务，利用基于LC-MS/MS（高分辨质谱）的方法对复杂生物样本中的脂质分子进行大规模检测，最多同时定性定量2000+脂质分子，通过同位素内标法获得脂质分子的绝对含量。